2000年9月-12月，余文森教授作为教育部基础教育课程改革综合组专家成员全程参与义务教育课程标准的研制。
2000年12月25日，经教育部批准，福建师范大学印发《关于成立教育部福建师范大学基础教育课程研究中心的决定》（闽师办〔2000〕054号），福建师范大学校长曾民勇担任中心领导小组组长，副校长胡晓莺、黄汉升担任副组长；胡晓莺副校长兼任中心主任，余文森任常务副主任，邱永渠、袁书琪、赖瑞云担任副主任。中心为正处级建制的实体单位。
2000年12月26日，我校在科学会堂召开“教育部福建师范大学基础教育课程研究中心成立大会”，教育部基础教育司副司长朱慕菊、教育部基础教育课程教材发展中心主任助理刘兼、省教育厅副厅长刘平和教育厅各有关处室负责人，福州、厦门两市教委领导，福建师大党政领导、各处室、各院系负责人，以及“指导——自主学习”课题实验学校教师代表出席会议。
2000年12月，中心余文森、王永、张文质申报的《让学生发挥自学潜能、让课堂焕发生命活力——福建省中小学“指导——自主学习”教改实验研究总结》(论文)获福建省第四届社会科学优秀成果三等奖，受到福建省人民政府表彰。