2006年1月，余文森教授被教育部师范教育司聘为《教师教育课程标准》研制专家组成员。
2006年2月22日，课堂论坛以“课堂教学有效性”为主题举行第一次在线研讨活动，5月31日《中国教师报》对研讨活动进行了专题报导。
2006年3月2日，教育部基础教育司朱幕菊副司长到中心专题调研，教育部基础教育课程教材发展中心刘坚处长，学校领导张金栋、李建平、黄汉升陪同调研。朱司长在听取了中心工作汇报后，对中心的工作给予了充分肯定并寄予厚望。
2006年3月4-5日，在福州融侨水乡酒店召开课堂教学网工作组第一次工作会议，正式组建由大学的专业研究人员、进修学校教研员，以及工作在一线的优秀中小学教师组成的课堂教学工作团队。
2006年3月，由中心张俊峰等主编的《环境教育素养专题》（1-3、4-6年级）由中国环境科学出版社出版发行。
2006年4月8-10日，受省教育厅委托，中心承办“福建省高中新课程教育管理者和校长研修班”（福州梅峰宾馆），全省各县市、区教育局教育正副局长、中教科科长、督导室负责人和全省200所高中校长等，共计478人参加学习。
2006年4月28日，泉州市鲤城区教育局印发《关于组建鲤城区教师博客群开展中青年教学骨干远程研修的通知》（泉鲤政教〔2006〕55号）文件，决定依托课堂教学网组建鲤城区教师博客群组，开展中青年教学骨干教师远程研修。
2006年5月12日，福建省南安市教育局印发《关于建立“南安市教师博客群组”及组织教师网上学习的通知》（南教综〔2006〕139号）文件，以福建省南安市课改实验区为试点，以课堂教学网、福建师范大学基础教育课程研究中心为依托，依托课堂教学网建设南安市教师博客群组，组织教师培训、专题学习、开展课题实验研究等，建设课堂教学网络教研基地。
2006年5月-6月，接教育部师范教育司通知，余文森教授作为授课专家参加“普通高中新课程实验省（市）国家级通识培训”工作。
2006年5月16-20日，受省教育厅委托，中心在福州举办“福建省普通高中新课程教育局局长、实验样本校校长、教务主任国家级研修培训班”，全省67所高中样本实验学校、省教育厅基础教育处、省教研室以及集美大学、泉州师院、省教育学院等相关院校的共283人参加学习。
2006年5月22日，东山县教育局印发《关于组建“东山县教师博客群组”的实施意见》（东教〔2006〕053号）文件，依托课堂教学网建立“东山县教师博客群组”，引导和规范教师博客建设，提高教育博客的建设质量。
2006年5月23日，中心在福州举办“2006年海峡两岸小学语文学术交流研讨会”，两岸1000多名教师参加了本次活动。
2006年6月1日，莆田市城厢区教育局印发《关于通过网络平台加强学习与教研的通知》（莆城教〔2006〕111号）文件，要求区内骨干教师参加课堂教学网学习，指定“莆田市城厢区教师进修学校教师博客群组”为学员研修交流的平台。
2006年7月20-23日，中心课堂教学工作团队参加在北京国家教育行政学院举办的教育部2006年暑期教师远程培训讲师团培训。
2006年7月28号，福建省中小学教师继续教育远程培训中心印发《关于组织传送教育部中小学骨干教师新课程国家级远程培训课程的通知》（闽师远培〔2006〕007号）文件，要求各市县教师进修学校（院）组织教师同步参加由余文森教授主讲的《课堂教学》课程学习。
2006年8月1-7日，中心在永春师范学校举办“2005年福建省中小学学科带头人培养对象暑期集中研修”。
2006年8月4-6日，在福建师范大学网络教育学院举行福建省小学语文学科带头人培养对象研修活动，录制余文森教授主讲的《课堂教学》网络研修课程。
2006年8月10-14日，余文森教授带领课堂教学工作团队到北京国家教育行政学院参加教育部2006年暑期，1万名中小学教师新课程远程培训《课堂教学》课程授课光盘录制。
2006年8月15-19日，课堂教学团队集中在国家教育行政学院进行“教育部2006年暑期中小学教师新课程培训”《课堂教学》课程实施和指导工作，并编辑面向全国的《课程学习简报》（课堂教学版）（1-5期）。
2006年8月21-31日，完成“教育部2006年暑期中小学教师新课程培训”成果《课堂教学》、《远程培训：课堂教学研修实录》两本书稿编著工作。
2006年9月30日，中心主编的“教育部中小学教师新课程培训”教材《课堂教学》、《远程培训：课堂教学研修实录》两本著作由华东师范大学出版社出版发行。
2006年9月，余文森《国家级课程改革实验区教学改革调研报告》荣获第三届全国教育科学研究优秀成果三等奖，受到教育部表彰。
2006年10月23日，中华人民共和国人事部、科技部、教育部、财政部、国家发展和改革委员会、国家自然科学基金委员会、中国科学技术协会等7部委日前联合下发《关于公布2006年“新世纪百千万人才工程”国家级人选的通知》（国人部发[2006]96号），中心余文森教授入选“新世纪百千万人才工程国家级人选”。
2006年11月13日，福州市鼓楼区教育局印发《关于组建“福州市鼓楼区教师博客群组”的通知》（鼓教〔2006〕129号）文件，组织区内骨干教师参加课堂教学网学习，并依托课堂教学网建立“福州市鼓楼区教育博客群组”。
2006年11月24日，泉州市鲤城区教育局印发《关于加强鲤城区骨干教师博客群组管理的补充通知》（泉鲤政教〔2006〕182号）文件，进一步加强对鲤城区骨干教师博客群组的管理，促使教师网络研修正常规范进行。
2006年11月26日，福州市台江区教育局印发《关于实施台江教育博客12121工程的意见》（台教综〔2006〕25号）文件，决定依托课堂教学网建立“福州市台江区教育博客网”。
2006年11月26日，全国教育科学规划领导小组办公室印发《关于调整全国教育科学规划领导小组学科规划组专家的通知》（教科规办函[2006]008号），中心余文森教授入选第五届学科规划组专家。
2006年12月14日，中心余文森教授的《论以校为本的教学研究》（论文）获得第四届中国高校人文社会科学研究优秀成果三等奖，受到教育部表彰（教社科证字〔2006〕第408号）。
2006年12月15日，环境教育中心与福州市台江区教育局联合举办“‘中国中小学绿色教育行动’项目（福州）研讨会”，世界自在基金会、福建省环保局宣教中心、福州市环保局宣教处以及各地中小学教师代表共300多人参加了本次活动。
2006年12月18日，省教育厅讨论研究成立“福建省高校招生考试命题研究中心”，挂靠教育部福建师范大学基础教育课程研究中心，协助福建省教育厅参与高考方案的设计、高考命题等有关工作。
2006年12月28-30日，余文森教授代表优秀网站率先在全国“新课程网络教研”2006年度工作会上作了“课堂教学网”工作的经验介绍。
2006年12月29日，福建省光泽县教育印发《光泽县教育局贯彻<福建省小学教学常规管理的若干意见（试行）>实施细则》（光教综〔2006〕200号）文件，要求“名师”、“学科带头人”、“教坛新秀”要带头利用中心主办的“课堂教学网”的优质教育教学资源，通过网络平台构建多元、快捷的校本教研模式。